Het swv wordt bestuurd vanuit een two-tier-governancemodel met een onafhankelijke raad van toezicht, een directeur-bestuurder en een deelnemersraad die bestaat uit vertegenwoordigers van de aangesloten schoolbesturen. De essentie is dat er gekozen is voor een model waarbij bestuur, intern toezicht en eigenaarschap organiek worden gescheiden, dat wil zeggen bij verschillende organen worden belegd, zodat de governancerollen zo zuiver mogelijk zijn ingevuld.
In ons swv zijn de bevoegdheden en verantwoordelijkheden bewust ‘laag’ georganiseerd. Dat wil zeggen dat het een bewuste keuze is om de schoolbesturen verantwoordelijk te maken voor de uitvoering van passend onderwijs. Dit uit zich in de keuze voor het schoolmodel waarbij de schoolbesturen naar rato de middelen ter beschikking krijgen voor de basis- en extra ondersteuning in de scholen. Passend onderwijs wordt daarmee dicht op het primaire proces binnen de scholen vormgegeven. Voor het swv betekent dit dat de bureauorganisatie smal is ingericht, zonder uitgebreide staf of ondersteunende dienst.